Im September des Jahres 2004 kaufte Perpetual Entertainment die Lizenzrechte zu Star Trek Online. Gleich darauf begann die Entwicklung des Spieles. Während in den darauf folgenden 3 Jahren die Entwicklung durch die Unterstützung der Star Trek Community voranschritt, veröffentlichte Perpetual Entertainment Ende 2007 erste Screenshots und den bis dahin vorliegenden Entwicklungsstand. Wenige Wochen später überraschte Perpetual Entertainment allerdings mit der Einstellung der Entwicklung des sehnsüchtig erwarteten Star Trek MMO`s.

Im Juli 2008 stellte sich Cryptic Studios als Entwickler und Lizenznehmer von Star Trek Online vor. Schon bald erschienen die ersten Details und ingame Videos zu STO.

Craig Zinkievich, der Produzent von Star Trek Online, hält die Community mit regelmäßigen Fortschrittsdetails auf dem neuesten Stand.